Na podstawie decyzji Senatu Uniwersytetu Jagiellońskiego z dnia 26 lutego 1997 r., z dniem 1 października 1997 r. Wydział Pielęgniarski został przekształcony w Wydział Ochrony Zdrowia. Z dniem 1 października 2007 r. zmieniono nazwę Wydziału na Wydział Nauk o Zdrowiu.

Wydział Nauk o Zdrowiu jest kontynuatorem bogatej tradycji w zakresie kształcenia pielęgniarek. W Polsce zostało ono zapoczątkowane w 1911 r. w Krakowie w ramach Szkoły Pielęgniarstwa, którą przekształcono w 1925 r. w Uniwersytecką Szkołę Pielęgniarek i Higienistek. Jej funkcjonowanie przerwał wybuch II wojny światowej, po zakończeniu której, Szkoła wznowiła działalność, kształcąc pielęgniarki na poziomie średnim zawodowym. Nauczanie pielęgniarek na poziomie magisterskim rozpoczęto w Krakowie w 1975 r. tworząc Wydział Pielęgniarstwa Akademii Medycznej, który jako część Collegium Medicum powrócił do Alma Mater Jagellonica w 1993 r. Instytut Pielęgniarstwa po utworzeniu Wydziału kontynuował nauczanie pielęgniarek na poziomie magisterskim, a w 1998 r. rozpoczął – jako pierwszy w Polsce – prowadzenie zajęć w ramach studiów dwustopniowych. Wydział kontynuuje także tradycję kształcenia położnych, którą rozpoczęto w Krakowie w 1780 r. w Collegium Fizycznym, Wydziału Lekarskiego Szkoły Głównej Koronnej UJ. W 1895 r. nauczanie położnictwa zostało wyłączone z uczelni i przejęte przez Cesarsko-Królewską Szkołę Położnych, a po odzyskaniu niepodległości, Państwową Szkołę Położnych. W 2005 r. na Wydziale Nauk o Zdrowiu odbył się pierwszy nabór na studia położnicze I stopnia. W tym samym roku zmieniono nazwę Instytutu Pielęgniarstwa na Instytut Pielęgniarstwa i Położnictwa.

Działalność Wydziału odwołuje się także do przeszło stuletniej idei, a dziś już interdyscyplinarnej wiedzy, jaką jest zdrowie publiczne. Wydział kontynuuje bowiem działalność Szkoły Zdrowia Publicznego powołanej w 1991 r. jako międzywydziałowa jednostka Akademii Medycznej i Uniwersytetu Jagiellońskiego. Ta pierwsza w Polsce Szkoła Zdrowia Publicznego powstała przy wsparciu Ministerstwa Zdrowia i Opieki Społecznej oraz przy doradztwie przedstawicieli francuskiego Ministerstwa Zdrowia. Zespół Szkoły w 1991 r. rozpoczął intensywną i wielokierunkową działalność edukacyjną, mającą na celu przygotowanie nowoczesnej kadry menedżerskiej dla potrzeb zmieniającego się polskiego systemu opieki zdrowotnej. W 1997 r. Szkoła stała się Instytutem Zdrowia Publicznego. W kolejnych latach Instytut ten prowadził różnorodne studia podyplomowe w zakresie zarządzania szpitalem, studia podyplomowe dla osób zatrudnionych na stanowiskach kierowniczych w instytucjach ochrony zdrowia, dla inspektorów farmaceutycznych oraz studia dla osób realizujących zadania w zakresie programów zdrowotnych. Instytut prowadzi również kształcenie na kierunku zdrowie publiczne, specjalności inspekcja sanitarna, a także międzynarodowe studia magisterskie EuroPubHealth. Zakład Ratownictwa Medycznego prowadzi dydaktykę w zakresie ratownictwa medycznego. Pierwotnie kształcenie ratowników medycznych odbywało się w ramach specjalności na kierunku Pielęgniarstwo (pierwszy nabór w 2001 r.). Od 2004 r. wyżej wymieniona specjalność była realizowana w ramach kierunku zdrowie publiczne natomiast w 2007 r. odbyła się pierwsza rekrutacja na ratownictwo medyczne, jako odrębny kierunek studiów. 15 stycznia 2009 roku Zakład Ratownictwa Medycznego zastał wydzielony ze struktury Instytutu Zdrowia Publicznego i przekształcony w samodzielną jednostkę Wydziału.

Na Wydziale Nauk o Zdrowiu od 1998 r. prowadzone jest również kształcenie na kierunku fizjoterapia. W związku z działaniami Województwa Małopolskiego na rzecz podniesienia jakości kształcenia w zawodach medycznych, w 2001 r. w Krakowie zostało zawarte porozumienie pomiędzy Województwem Małopolskim a Uniwersytetem Jagiellońskim w sprawie podjęcia wspólnych działań dotyczących zmiany systemu nauczania w zawodzie technik fizjoterapii. W rezultacie tego porozumienia zwiększono prowadzony na Wydziale nabór na ten kierunek studiów, zlikwidowano Medyczne Studium Zawodowe nr 4 w Krakowie, a kształcenie w całości przejął Wydział przyjmując w poczet nauczycieli akademickich pracowników Studium. Instytut Fizjoterapii skupiający jednostki stanowiące bazę dydaktyczną i naukowo-badawczą dla tego kierunku powołano w 2006 r. W związku z dynamicznym rozwojem diagnostyki obrazowej w Polsce i na świecie zaistniała potrzeba zwiększenia liczby wykwalifikowanej kadry obsługującej nowoczesną aparaturę diagnostyczną. Wychodząc naprzeciw takiemu zapotrzebowaniu Wydział Nauk o Zdrowiu, w ramach Instytutu Fizjoterapii, uruchomił kształcenie na kierunku elektroradiologia stwarzając tym samym  możliwość uzyskania absolwentom ciekawego, perspektywistycznego zawodu oraz znalezienia interesującego miejsca zatrudnienia.

Utworzenie Wydziału było odpowiedzią na nową sytuację społeczno-ekonomiczną w Polsce w związku z reformą służby zdrowia i nowym rynkiem pracy. Zmiany te wymusiły ustalenie priorytetów w edukacji. Nowe spojrzenie na kształcenie pracowników służby zdrowia było wypadkową kilku czynników: nowej filozofii zarządzania w służbie zdrowia, przejścia od opieki medycznej do promocji zdrowia i prewencji chorób, silnego nacisku na podstawową opiekę zdrowotną oraz znacznego rozwoju technologii medycznej. Należało sprostać zapotrzebowaniu na wykwalifikowanych pracowników służby zdrowia, którzy mieli obsadzić pozycje menadżerskie wysokiego i średniego szczebla, a także zapewnić dopływ wyspecjalizowanego personelu medycznego (pielęgniarki, fizjoterapeuci, położne, ratownicy medyczni, inspektorzy sanitarni). Stało się to możliwe między innymi dzięki zawartym przez Uczelnię i Marszałka Województwa Małopolskiego porozumieniom w sprawie podjęcia wspólnych działań dotyczących zmian systemów kształcenia w niektórych zawodach szkolnictwa medycznego. Pierwsze, zawarte w 1999 r., dotyczyło kształcenia pielęgniarek, kolejne (opisane powyżej) z 2001 r. dotyczyło kształcenia fizjoterapeutów, a ostatnie dotyczące kształcenia położnych zostało zawarte w 2005 r.